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소원을 다시 한 번 모든 사건이 해결되고 평온한 일상으로 돌아온 있는 케이이치와 여신들. 하지만 천상계에서는 몇몇 데이터들이 손상되었고 그 손상된 데이터 중에는 베르단디와 케이이치와의 계약파일도 있었다. 그 파일이 없어진 이상 베르단디를 계속 지상계에 머무르게 할 수 없다는 하느님. 데이터 복구를 위해서 케이이치와 여신들은 갖은 노력을 하는데.... 과연 케이이치와 베르단디는 재계약을 할 수 있을 것인가?