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유전자공학의 세계적 권위자인 아키카와 교수가 살해되고, 그가 조류 독감에 대해 연구하고 있었다는 게 밝혀진다. 그 후, 현장에서 유독가스가 든 상자와 반과학주의를 표방하는 ‘낙원의 문’이란 단체의 배지가 발견된다. 이 단체의 대표인 아토는 과거에 복제기술 연구소에 폭발물을 설치한 혐의로 체포됐다가 불기소된 바 있다. 한편, CCTV를 통해 수상한 남녀가 대학에 들어왔었다는 사실이 드러난다. 특명계는 그들의 이름이 세계가 멸망해가는 내용을 그린 소설 ‘가라앉는 천체’의 주인공들과 같다는 걸 알아채고, 그 소설을 쓴 작가를 찾아가는데...